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農藥依應用方式大略分為接觸型農藥以及系統型農藥，接觸型農藥容易附著於植物表面，或是滲入植物表面蠟質，較容易受到雨淋流失或是光照分解；系統型農藥的親水性較佳，較少受外在環境如雨淋、陽光的影響而流失或分解。這兩類的農藥去除殘留的方式有些不一樣，另外要注意的是不同作物也會有不同的清洗方式。
清除接觸型農藥的清洗，務必先以流動自來水沖洗，再配合輕搓蔬果表面加強去除效果，若是表面凹凸不平的蔬果可以軟毛刷來輔助，又或是可以切掉根部或是凹陷處。若要清除系統型農藥，可透過浸泡搭配換水使水溶性的農藥溶出而降低殘留。
若是不去皮可直接食用的水果，其表面會含較多的蠟質或是孔洞如李、桃、草莓、番茄等水果，清洗時要浸泡20至30分鐘，並搭配不定時的攪動及換2-3次水再食用較佳。