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餐廳的衛生環境亦是很多消費者會特別注意的一個環節。食品作業場所的乾淨與否，如今也是消費者考量的一部分。除了作業場所，廁所也是其中一環。由於廁所有水管能讓病媒出入，是很多病媒（如蚊子、蒼蠅或蟑螂等等）常出現的媒介，需做好防護措施減少病媒出入。且廁所的設置地點需要遠離污染水源，避免可能含有致病細菌或生物的污水和廢水影響到乾淨的水源。另外，廁所盡量避免正面面對食品作業場所，要以門簾、屏風，等緩衝設施阻擋做區隔。
廁所也需要常常保持清潔，盡可能每一天打掃至少一次到兩次，並詳實填寫打掃廁所的紀錄表單；且業者應於廁所的明顯處標示「如廁後應洗手」以及「洗手步驟」。洗手步驟又分為食品從業人員的「濕、洗、刷、搓、沖、乾」六步驟以及一般民眾的「濕、搓、沖、捧、擦」五步驟。